Всем здравствуйте!
Тема ПЦР-диагностики в клинике (не только ветеринарной, но и медицинской в том числе) действительно очень интересна. Это относительно можно сказать новый метод, который постепенно внедряется в практику, и при правильной организации работы лаборатории он действительно очень значим.
Хотя тонкостей на самом деле больше, чем это кажется на первый взгляд. Правильный отбор материала, соглашусь, играет значительную роль. В основном материалом для ПЦР-диагностики служат:
- Эпителиальные соскобы со слизистых оболочек
- Моча
- Мокрота
-Кровь, плазма, сыворотка.
-Биологические жидкости. Сок простаты, плевральная, спинномозговая, околоплодная, суставная жидкость, бронхоальвеолярный лаваж, слюна забираются по показаниям.
-Биоптаты.
Материал подбирается в зависимости от цели исследования (пример, эпителиальные соскобы со слизистых оболочек обычно используются для диагностики заболеваний, передающихся половым путем (ЗППП), таких как гонорея, хламидиоз, микоплазмоз, уреаплазмоз, трихомониаз и т.д., мокрота используется для диагностики туберкулеза и реже для диагностики респираторных форм хламидиоза и микоплазмоза, кровь, плазму или сыворотку используют для ПЦР-анализа инфекционных заболеваний, а также для исследования генов человека). Про исследования генов человека конечно отдельная тема, это тот же самый тест на определение отцовства, поиск онкомаркеров (я думаю, что эти анализы в ветеринарии тоже возможно были бы интересны), какие-то наследственные может заболевания и многое, многое другое....
Так вот...насчет тонкостей...основная проблема, на мой взгляд, все-таки наверное не то, какой материал взять, а то как правильно подобрать способ для выделения ДНК, если к примеру, мы берем такой материал для исследований, где ДНК содержится очень мало и в основном это все в разрушенном состоянии (плазма крови например), т.к. количество выделенного ДНК влияет и на ампликацию на следующем этапе тоже. Если у вас взято РНК, например, тогда нужно правильно подобрать способ выделения РНК для последующей обратной транскрипции (существуют специальные тест-наборы).
А второй и самый важный наверное момент, это СПЕЦИФИЧНОСТЬ или другими словами то, как правильно сделать подбор праймеров для исследования определенного гена, как правильно подобрать условия для проведения амплификации, как правильно ДЛЯ ЭТОГО ГЕНА рассчитать объем смеси и какое количество каких компонентов внести. Это все немало важно и это самый главный момент во всей ПЦР реакции, это если например вы беретесь за исследование каких-то определенных генов. В случае с проведением анализа на инфекционные заболевания задача конечно же значительно облегчается тем, что существуют уже определенные тест-наборы, разработанные под конкретные заболевания, тогда вам уже подбирать ничего не нужно, просто делаете все, как написано в инструкции.
Ну и наконец, детекция. Все просто и сложно одновременно. Я тут немножко классифицирую, чтобы было всем понятнее. Детектировать можно:
-с помощью гелей (агароза или ПАГ), условно "классическая постановка ПЦР"
-если вы хотите просматреть, например, какую-то мутацию гене (если она точечная, то это тоже можно сделать с помощью гелей), а если вы хотите просматреть например ВСЮ нуклетидную последовательность в этом гене или на его каком-то участке, тогда здесь конечно лучше будет проводить сиквенсную реакцию и смотреть результаты потом на секвенаторе. Спектр научно-прикладных задач для секвенатора на этом не ограничивается, существует и фрагментный анализ.
-отдельный разговор конечно о Real-time PCR. Все кажется просто, но на самом деле не совсем просто. Если вам опять же нужно просмотреть какую-то конкретную точку на наличие мутации, это можно сделать с помощью этого прибора (причем опять же дело не ограничится покупкой просто ампликатора, под него идут специальные тест-наборы для постановки, можно конечно ими и не пользоваться, если у вас есть какая "своя" методика проведения и свои реактивы, которые подходят под чтение этого прибора, это значительно конечно облегчает задачу исследователю, т.к. по стоимости выходит гораздо дешевле). Насчет отдельных боксов конечно немножко сомневаюсь... все-таки склоняюсь к постановке ПЦР в отдельных 3 комнатах, но...в принципе можно наверное и так ставить, но при условии, что крышки будут полностью ЗАКРЫТЫМИ и не открываться в этой комнате и как-то утилизироваться...
То, что можно "смотреть" с помощью Real-time: SNP-анализ http://molbiol.edu.ru/review/04_03.html и экспрессия какого-то гена в сравнении с геном "домашнего хозяйства".
-ну и наконец, возможна еще биочип-гибридизация, но ее пока мало используют.
ПРИМЕНИТЕЛЬНО К ВЕТЕРИНАРИИ
Ветеринарных ПЦР-лабораторий в России пока очень мало. Возможные исследования - инфекционные заболевания, наследственные заболевания, свойственные каким-то определенным породам, определение окраса ну и т.д.
Тема ПЦР-диагностики в клинике (не только ветеринарной, но и медицинской в том числе) действительно очень интересна. Это относительно можно сказать новый метод, который постепенно внедряется в практику, и при правильной организации работы лаборатории он действительно очень значим.
Хотя тонкостей на самом деле больше, чем это кажется на первый взгляд. Правильный отбор материала, соглашусь, играет значительную роль. В основном материалом для ПЦР-диагностики служат:
- Эпителиальные соскобы со слизистых оболочек
- Моча
- Мокрота
-Кровь, плазма, сыворотка.
-Биологические жидкости. Сок простаты, плевральная, спинномозговая, околоплодная, суставная жидкость, бронхоальвеолярный лаваж, слюна забираются по показаниям.
-Биоптаты.
Материал подбирается в зависимости от цели исследования (пример, эпителиальные соскобы со слизистых оболочек обычно используются для диагностики заболеваний, передающихся половым путем (ЗППП), таких как гонорея, хламидиоз, микоплазмоз, уреаплазмоз, трихомониаз и т.д., мокрота используется для диагностики туберкулеза и реже для диагностики респираторных форм хламидиоза и микоплазмоза, кровь, плазму или сыворотку используют для ПЦР-анализа инфекционных заболеваний, а также для исследования генов человека). Про исследования генов человека конечно отдельная тема, это тот же самый тест на определение отцовства, поиск онкомаркеров (я думаю, что эти анализы в ветеринарии тоже возможно были бы интересны), какие-то наследственные может заболевания и многое, многое другое....
Так вот...насчет тонкостей...основная проблема, на мой взгляд, все-таки наверное не то, какой материал взять, а то как правильно подобрать способ для выделения ДНК, если к примеру, мы берем такой материал для исследований, где ДНК содержится очень мало и в основном это все в разрушенном состоянии (плазма крови например), т.к. количество выделенного ДНК влияет и на ампликацию на следующем этапе тоже. Если у вас взято РНК, например, тогда нужно правильно подобрать способ выделения РНК для последующей обратной транскрипции (существуют специальные тест-наборы).
А второй и самый важный наверное момент, это СПЕЦИФИЧНОСТЬ или другими словами то, как правильно сделать подбор праймеров для исследования определенного гена, как правильно подобрать условия для проведения амплификации, как правильно ДЛЯ ЭТОГО ГЕНА рассчитать объем смеси и какое количество каких компонентов внести. Это все немало важно и это самый главный момент во всей ПЦР реакции, это если например вы беретесь за исследование каких-то определенных генов. В случае с проведением анализа на инфекционные заболевания задача конечно же значительно облегчается тем, что существуют уже определенные тест-наборы, разработанные под конкретные заболевания, тогда вам уже подбирать ничего не нужно, просто делаете все, как написано в инструкции.
Ну и наконец, детекция. Все просто и сложно одновременно. Я тут немножко классифицирую, чтобы было всем понятнее. Детектировать можно:
-с помощью гелей (агароза или ПАГ), условно "классическая постановка ПЦР"
-если вы хотите просматреть, например, какую-то мутацию гене (если она точечная, то это тоже можно сделать с помощью гелей), а если вы хотите просматреть например ВСЮ нуклетидную последовательность в этом гене или на его каком-то участке, тогда здесь конечно лучше будет проводить сиквенсную реакцию и смотреть результаты потом на секвенаторе. Спектр научно-прикладных задач для секвенатора на этом не ограничивается, существует и фрагментный анализ.
-отдельный разговор конечно о Real-time PCR. Все кажется просто, но на самом деле не совсем просто. Если вам опять же нужно просмотреть какую-то конкретную точку на наличие мутации, это можно сделать с помощью этого прибора (причем опять же дело не ограничится покупкой просто ампликатора, под него идут специальные тест-наборы для постановки, можно конечно ими и не пользоваться, если у вас есть какая "своя" методика проведения и свои реактивы, которые подходят под чтение этого прибора, это значительно конечно облегчает задачу исследователю, т.к. по стоимости выходит гораздо дешевле). Насчет отдельных боксов конечно немножко сомневаюсь... все-таки склоняюсь к постановке ПЦР в отдельных 3 комнатах, но...в принципе можно наверное и так ставить, но при условии, что крышки будут полностью ЗАКРЫТЫМИ и не открываться в этой комнате и как-то утилизироваться...
То, что можно "смотреть" с помощью Real-time: SNP-анализ http://molbiol.edu.ru/review/04_03.html и экспрессия какого-то гена в сравнении с геном "домашнего хозяйства".
-ну и наконец, возможна еще биочип-гибридизация, но ее пока мало используют.
ПРИМЕНИТЕЛЬНО К ВЕТЕРИНАРИИ
Ветеринарных ПЦР-лабораторий в России пока очень мало. Возможные исследования - инфекционные заболевания, наследственные заболевания, свойственные каким-то определенным породам, определение окраса ну и т.д.
Комментариев нет:
Отправить комментарий